2000

El primer tren Acela Express se presenta en el servicio comercial, marcando el comienzo de una nueva era de trenes de alta velocidad. Inicialmente, Amtrak ofrece un viaje diario de ida y vuelta entre Washington y Boston, con más frecuencias añadidas a la programación a medida que se entregan las flotas de trenes. 

Los clientes de Amtrak se encuentran con una forma aún más gratificante de viajar con el lanzamiento del programa Amtrak Guest Rewards. Les permite ganar puntos que pueden canjear por viajes de recompensa, hoteles, alquileres de autos y mucho más.

2001

Tras los atentados terroristas del 11 de septiembre, Amtrak se convierte en el principal modo de transporte entre New York City y el país cuando se suspende el transporte aéreo. Se agregan coches adicionales para transportar a los trabajadores de emergencias, al personal militar y a los familiares de las víctimas.

Introduce un "Coche Tranquilo" en casi todos los trenes durante los días laborables del corredor Northeast. Se pide a los pasajeros que limiten las conversaciones, que hablen en tono bajo y que no hagan llamadas telefónicas. Debido a su popularidad, se agregan Coches Tranquilos a otras rutas.

2002

Se concede a Amtrak la segunda de las dos patentes (la primera fue en 2000) para un vehículo automatizado de inspección de vías que permite a Amtrak identificar mejor el tipo y la ubicación de las anomalías en las vías y las acciones correctivas necesarias.  

2003

Amtrak cierra el año con un registro de pasajeros de más de 24 millones en toda su red nacional.

2004

El servicio de voz automatizado "Pregúntele a Julie" está clasificado como el mejor sistema de respuesta de voz por la revista Speech Technology.

Amtrak recibe la patente de un nuevo sistema de unión de carriles a inglete de banda gruesa para mejorar las uniones entre los tramos de vía fijos y los que se mueven verticalmente. 

2005

Amtrak y el Estado de Wisconsin inauguran la estación del aeropuerto General Mitchell de Milwaukee, un paso más en los viajes multimodales. Diseñada con un estilo campestre para homenajear al nativo de Wisconsin Frank Lloyd Wright, la estación resulta especialmente popular entre los pasajeros entre Chicago y Milwaukee.

2006

El Proyecto de Mejora del Corredor Keystone, una asociación entre Amtrak y la Mancomunidad de Pennsylvania, alcanza un hito con el restablecimiento del servicio de trenes totalmente eléctricos. El número total de viajes de ida y vuelta del servicio Keystone en Pennsylvania aumenta de 11 a 14 con velocidades de hasta 110 mph.

Con el apoyo del Estado de Illinois, se agregan frecuencias adicionales a las rutas de Chicago a Carbondale (Saluki), Chicago a Quincy (Carl Sandburg) y Chicago a St. Louis (Servicio Lincoln). 

2007

Amtrak comienza a llevar a cabo el servicio en su asiento y el servicio de bebidas en algunos trenes Acela Express.

Amtrak fomenta las asociaciones con las comunidades que desean invertir en sus estaciones lanzando el sitio web Great American Stations con estudios de casos, información sobre subvenciones y otros recursos. Amtrak había donado anteriormente $2 millones de dólares a la fundación Great American Station Foundation, creada para ayudar a las comunidades a reparar y mejorar sus estaciones de tren.

2008

Amtrak instala un generador de energía eólica y paneles solares en su espacio exterior en Chicago para alimentar el sistema de señales con energía renovable.

Finaliza el esfuerzo de varios años para reemplazar el tramo de elevación del Thames River Bridge, en Connecticut. Los aspectos históricos del puente se conservaron sin sacrificar la seguridad y la eficacia operativa del siglo 21 en el concurrido Corredor Northeast.

2009

Amtrak lanza su programa La Movilidad Primero para hacer las estaciones más accesibles a los pasajeros con discapacidad.

El Estado de Virginia financia un viaje diario de ida y vuelta de Northeast Regional entre Washington, D.C., y Lynchburg. En un año, el nuevo servicio registró más de 126, 000 viajes, un 147% más que la estimación inicial de 51, 000. En pocos años, el servicio ferroviario de pasajeros se amplía a Richmond y se restablece a Norfolk y Roanoke.