La NYP fue construida entre 1901 y 1910 por una empresa predecesora de la Pennsylvania Central Transportation Company (Penn Central). La estación original era una enorme estructura que ocupaba dos manzanas de la ciudad. Fue una de las primeras terminales ferroviarias en separar en dos vestíbulos a los pasajeros que llegaban de los que salían. El trazado actual de la estación, por encima de los andenes de pasajeros y las vías, se construyó a finales de los años 1960, cuando se arrasaron partes de la estructura para construir Penn Plaza y Madison Square Garden. Penn Central transfirió la propiedad de la NYP, la cual formaba parte de las operaciones ferroviarias de transporte de pasajeros en el Corredor Nordeste, a Amtrak en Abril de 1976 en virtud de la Ley de Reorganización Ferroviaria Regional de 1973.

En la actualidad, la NYP consta de tres niveles principales, todos ellos situados por debajo del nivel de la calle: Vestíbulo Superior, Vestíbulo Inferior y Andenes/Vías. El Vestíbulo Superior contiene zonas de espera para pasajeros, servicios de venta de boletos, zonas para vendedores y acceso a los andenes a través de escaleras, escaleras mecánicas y ascensores. El Vestíbulo Inferior da acceso a los andenes y ofrece zonas de espera adicionales y servicios a los vendedores. El Nivel de Andenes/Vías es la zona de la estación en la que los andenes dan acceso a los pasajeros para subir a los trenes de 21 vías. Además, en este nivel se encuentran las subestaciones eléctricas y otras zonas ocupadas por los trabajadores de Amtrak (por ejemplo, sala de descanso, vestuarios, etc.).

La prestación de los servicios ferroviarios de pasajeros en la NYP está a cargo de Amtrak, New Jersey Transit (NJT) y Long Island Railroad (LIRR). NJT utiliza las Vías 1 a 4, Amtrak y NJT comparten las Vías 5 a 14 y LIRR utiliza las Vías 15 a 21. Con un funcionamiento de 24 horas al día, 365 días al año, la NYP es la instalación de transporte de pasajeros más concurrida de Norteamérica. Cada una de las 21 vías de la estación se utilizan cada 2 minutos, en promedio, durante los días laborables. La NYP da servicio a más de 630,000 pasajeros en 1,345 trenes al día.

En Abril de 2016, durante un proyecto de mantenimiento de ingeniería, se detectaron PCB en sedimentos que se habían acumulado en la estructura de vías de hormigón del Nivel de Andenes/Vías. Las propias estructuras de vía de hormigón se encuentran aproximadamente 50 pies por debajo del nivel de la calle y 4 pies por debajo de las plataformas. Una vez descubiertos, los hallazgos se comunicaron a la EPA y al Departamento de Conservación Ambiental del Estado de New York (NYSDEC) en Abril de 2016. Amtrak inició rápidamente, en consulta con la EPA y el NYSDEC, el proceso de investigación del alcance y la extensión de los PCB en la NYP. Amtrak tomó medidas inmediatas para limitar la posible exposición a PCB de los trabajadores de la obra, entre las que se incluían la emisión de avisos a los trabajadores, el suministro de equipos de protección personal a los empleados que trabajaban en la obra, así como otras medidas de protección. Amtrak también informó de la situación a los demás ferrocarriles que utilizan la NYP. Pruebas analíticas adicionales revelaron la presencia de PCB en gran parte de la infraestructura de las vías. El muestreo y las pruebas analíticas posteriores también revelaron la presencia de PCB en el polvo que se había acumulado en las luminarias y en los conductos situados sobre los andenes.

Tras esta identificación de PCB, Amtrak inició acciones provisionales de restauración para eliminar estos materiales de la estructura de hormigón de las vías y el polvo en todo el nivel de los andenes. Se llevaron a cabo medidas de control del aire y del polvo en tiempo real para supervisar y documentar los niveles de partículas en el aire durante las actividades de limpieza de las vías y de eliminación del polvo para proteger la salud humana. La limpieza de las vías consistió en la retirada de sedimentos y materiales similares al alquitrán, seguida de un lavado de las vías realizado entre Abril de 2016 y Abril de 2019. En total, se limpiaron 14,841 pies lineales de superficies de vías de hormigón montadas en las vías 1 a 18 (incluida la línea de columnas). Los residuos generados como parte de estas acciones de restauración provisional (incluidos, entre otros, sedimentos, hormigón, balasto, polvo y equipos de protección personal) se han eliminado como residuos regulados por la Ley de Control de Sustancias Tóxicas (TSCA). Durante este trabajo, Amtrak ha proporcionado actualizaciones mensuales detalladas a la EPA y al NYSDEC sobre sus actividades de limpieza de PCB.

Paralelamente a los trabajos de limpieza de las vías, Amtrak elaboró un Plan de Trabajo de Investigación Correctiva (RIWP) para su revisión y comentario por parte de la EPA. El RIWP se finalizó en 2018. Desde 2018, Amtrak ha estado recogiendo las muestras y los datos analíticos necesarios para apoyar un enfoque de restauración basado en el riesgo para la estación NYP. El itinerario actual incluye la presentación de un Informe de Investigación de Restauración/Evaluación de Riesgos (RI/RA) a la EPA a finales de 2024. El RI/RA también estará disponible para comentarios por parte del público. El objetivo de la restauración es eliminar el suelo, los sedimentos y el hormigón contaminados con PCB para alcanzar el objetivo basado en el riesgo que deberá aprobar la EPA de conformidad con la normativa 40 CFR § 761.61(c).