1990

Amtrak completa la instalación del Control Automático de Trenes en todas las locomotoras que operan en el Corredor Noreste.

Con el apoyo financiero del estado de North Carolina, Amtrak pone en marcha el Carolinian de Nueva York a Charlotte.

1991

Caltrans y Amtrak ponen en marcha el servicio Capitol Corridor entre San Jose y Sacramento. El servicio crecería rápidamente y se expandiría hacia el este hasta Auburn, California.

Amtrak reinaugura la clásica estación art decó de la 30 Street en Philadelphia tras una renovación de tres años y 75 millones de dólares. En New York City, consolida todos los servicios en Penn Station para una mayor eficacia tras la finalización de la Empire Connection en colaboración con el Estado de New York.

1992

Amtrak y Metra unen sus fuerzas para completar la renovación de la Chicago Union Station por un valor de 32 millones de dólares, incluyendo la eliminación de la pintura negra de la claraboya del Great Hall, un vestigio de la Segunda Guerra Mundial.

Amtrak recibe las nuevas locomotoras diésel P20-32BWH que incorporan la primera generación de motores construidos por GE.

1993

Amtrak recibe las locomotoras 22 P40 diseñadas con las especificaciones de los propios ingenieros industriales de Amtrak para lograr una mayor eficiencia de combustible, seguridad y estética.

1994

Amtrak completa la primera fase de modernización del Centro de Control de New York Penn Station al reemplazar la tecnología de la década de 1910 para lograr una mayor eficiencia operativa.

1995

Amtrak entra a la era de la Internet con el lanzamiento de Amtrak.com El sitio brinda información sobre los servicios de Amtrak y dos años después, brinda la posibilidad de realizar reservaciones en línea.

Tanto los que viajan a ver el follaje como los esquiadores celebran el lanzamiento del Vermonter. Financiado por el estado de Vermont, ofrece un servicio ferroviario de pasajeros entre Washington, D.C. y St. Albans, Vermont.

1996

Durante la histórica tormenta de enero, Amtrak es el único transporte interurbano que mantiene el servicio en el noreste.

Amtrak, con el apoyo financiero de Vermont, inaugura el Ethan Allen Express, proporcionando el primer servicio ferroviario directo entre New York y Rutland, VT, en más de 40 años.

1997

Amtrak recibe 111 nuevas locomotoras diesel P42. Estos motores más livianos y aerodinámicos brindan una mayor eficiencia de combustible al mismo tiempo que generan más caballos de fuerza que los modelos anteriores.

El popular servicio Metroliner de Amtrak entre Washington D.C. y New York City establece un registro de pasajeros de 2, 081, 326, con un aumento de 20, 000 respecto al registro anterior.

1998

Amtrak se asocia con nueve estados para proponer la Iniciativa Ferroviaria Regional del Medio Oeste con el fin de desarrollar un sistema ferroviario de alta velocidad de 3, 000 millas para la región que aumentaría significativamente el servicio y reduciría los tiempos de viaje. 

La marca "Amtrak Cascades" se introduce en los trenes que operan en el corredor Eugene-Portland-Seattle-Vancouver, B.C. gracias a la financiación de la asociación del Departamento de Transporte del Estado de Washington y el Departamento de Transporte de Oregon. 

1999

Con el apoyo financiero del Estado de Oklahoma, Amtrak vuelve a establecer el servicio diario de pasajeros entre Oklahoma City y Fort Worth en el Heartland Flyer.

Los coches renovados de Amfleet salen del programa "Capstone" con mayor confort, comodidades y adaptaciones que cumplen con la Ley de Americanos con Discapacidades.